中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院上海獸醫(yī)研究所的前身為中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院家畜血吸蟲(chóng)病研究室，成立于1964年10月。1982年2月更名為中國(guó)農(nóng)科院上海家畜血吸蟲(chóng)病研究所。1989年7月更名為中國(guó)農(nóng)科院上海家畜寄生蟲(chóng)病研究所。2006年3月更名為中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院上海獸醫(yī)研究所，加掛中國(guó)動(dòng)物衛(wèi)生與流行病學(xué)中心上海分中心牌子。 研究所主要開(kāi)展動(dòng)物傳染病、動(dòng)物寄生蟲(chóng)病和動(dòng)物藥物研究；主要研究領(lǐng)域是動(dòng)物傳染病、動(dòng)物寄生蟲(chóng)病和獸用藥物；主要方向任務(wù)是以危害嚴(yán)重的豬、禽傳染病、動(dòng)物寄生蟲(chóng)病、人畜共患病和獸用藥物等為研究對(duì)象，開(kāi)展病原生物學(xué)、分子流行病學(xué)、病原感染致病與免疫機(jī)制、診斷及防控技術(shù)等基礎(chǔ)與應(yīng)用基礎(chǔ)研究；研制開(kāi)發(fā)安全高效的新型動(dòng)物疫苗、治療藥物和新制劑、快速簡(jiǎn)便的疫病診斷技術(shù)及制劑。
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